Как и в первом эпизоде, вам предстоит столкнуться с 18 красными дверьми (Сегментами), порой спрятанными от глаз игрока. Для открытия этих дверей вам понадобятся особые ключи - Декодеры. Сразу хочу предупредить - даже не надейтесь на открытие всех дверей при прохождении основной сюжетной линии, так как определенная часть дверей и Декодеров к ним, становятся доступны только после прохождения игры. Дабы вообще получить опцию в меню, посвященную Сегментам, при первом прибытии на Вторую Милшу, отправляйтесь во Второй Сектор, где у северной стены обнаружите девушку и одну из красных дверей. Девушка даст вам файл Segment Address, в котором вы можете просматривать информацию о том, какие двери уже были вами открыты, какие найдены и к каким вы располагаете Декодером.

Segment Address #01

Дверь: Dammerung - комната с коробками.
Декодер: Uzuki Residence, 5 Задание (необходимо выиграть его в мини-игру)
Сокровище: Secret Key 8
Примечание: Вы окажетесь в Dammerung на втором диске. После сцены с Фебронией и Нефелим, идите в Important Administration Territory section. В нужной вам комнате полно ящиков, которые вы можете уничтожить - проложите себе скозь них путь к северной стене, там и будет искомая дверь.

Segment Address #02

Дверь: Elza - квартиры экипажа, западная часть корабля.
Декодер: Ormus Stronghold
Сокровище: Secret Key 22

Segment Address #03

Дверь: Second Miltia, второй сектор - Publishing Agency
Декодер: Kukai Foundation City, Ironman Bar, после выполнения Задания 16.
Сокровище: Robo Parts (левая нога)
Примечание: Чтобы взять Декодер, необходимо открыть Segment Address#16.

Segment Address #04

Дверь: Ormus Stronghold, попасть можно через секцию цветных лифтов, пройдя их в таком порядке - желтый, голубой, второй желтый.
Декодер: Momo's Deep Domain, Summer
Сокровище: Secret Key 9
Примечание: Чтобы взять Декодер, вы должны дойти до камней в реке. Уничтожте все камни кроме того, что напротив островка с коробкой. Затем уроните западное древо и оно создаст для вас мостик.

Segment Address #05

Дверь: Labyrinth, на перекрестке с четырьмя ходами, иди в верхний, северный.
Декодер: Labyrinth, лежит в сундуке, охраняемым весьма крупным механоидом.
Сокровище: Secret Key 20

Segment Address #06

Дверь: Second Miltia
Декодер: получить от Angelina (стоит рядом с красной дверью во втором секторе Второй Милши)
Сокровище: Secret Key 3
Примечание: Angelina даст вам Segment File и Декодер.

Segment Address #07

Дверь: Dammerung - Important Administration Territory, комната с конвеером
Декодер: Вязть в комнате за Segment Address #14
Сокровище: Robo Parts (левая рука)
Примечание: В нужной вам территории множество дверей, ведущих к коробкам или противникам.

Segment Address #08

Дверь: В Desert, на восточной скале
Декодер: Выполните Задание 13
Сокровище: Robo Parts (торс)

Segment Address #09

Дверь: Uzuki Residence, в пристройке к дому.
Декодер: Submerged City
Сокровище: Secret Key 4

Segment Address #10

Дверь: Submerged City, при первой развилке, идти на лево
Декодер: Omega System
Сокровище: Secret Key 26
Примечание: Для получения Декодера, вы должны отправиться в Omega System через U.M.N. после прохождения игры, используя при этом персонажей, а не E.S. Поезжайте на лифте вниз до последнего этажа. Затем бегите через огромную дверь на север и в углу, разбив зеленые ящики, вы обнаружите сундук с Декодером.

Segment Address #11

Дверь: Foundation, Urban Area, под статуей
Декодер: Durandal
Сокровище: Secret Key 23
Примечание: Для получения доступа к двери, вы должны выполнить Задание 18 и вы получите пароль к статуе. Для получения Декодера, направляйтесь в Парк на Дюрандале и поговорите с голубоволосой представительницей 100 поколения Реалиан, стоящей у фонтана. Отвечайте ей "Do such things really exist?", затем "Okay, we'll take it."

Segment Address #12

Дверь: Heavenly Ruins, при подъеме к вершине башни, уничтожтье стену.
Декодер: Heavenly Ruins, возьмите из сундука после побеждения босса на вершине башни.
Сокровище: Sequencer D

Segment Address #13

Дверь: Ormus Stronghold
Декодер: Выполнить Задание #35
Сокровище: Robo Parts (голова)
Примечание: Дверь находится в комнате где вы манипулировали с голубыми и зелеными блоками, выстраивая из них мостики.

Segment Address #14

Дверь: Old Miltia, рядом с белой машиной на дороге
Декодер: Выполнить Задание #27
Сокровище: Decoder #07, Robo Parts (правая рука)

Segment Address #15

Дверь: Momo's Deep Domain, Winter, перейдя пропасть по бревну, уничтожтье дерево возле кустов, затем пройдите через кусты и спрыгните на выступ скалы.
Декодер: Dammerung - Important Administration Territory
Сокровище: Secret Key 5
Примечание: Чтобы получить Декодер, в комнате с огромным озером и платформой над ним, сначала уничтожтье три левых, верхних коробки. Затем заберитесь на стекло и идите в левый, верхний угол, дабы наклонить платформу. Теперь идите в правый, нижний угол, платформа опустится и уничтожит коробку содержащую в себе Декодер, который выплывите в левом, верхнем углу озера.

Segment Address #16

Дверь: Kukai Foundation City, Ironman Bar
Декодер: Выполните Задание #29
Сокровище: Robo Parts (Правая нога), Decoder #03.
Примечание: Дабы открыть секретный проход к двери, выполните Задание 16 и полученные Iron 4 Score от Margoyles используйте на пианино в баре.

Segment Address #17

Дверь: Omega System, как только сядите в лифт и спуститесь на один ярус, остановитесь и пройдите направо.
Декодер: Выполните Задание #6
Сокровище: Secret Key 28

Segment Address #18

Дверь: Submerged City, на второй развилке идите на север
Декодер: Dammerung - Important Administration Territory
Сокровище: Secret Key 16
Примечание: Декодер находится на юге огромного грзового отсека. Попав в отсек, уничтожтье западную дверь, чтобы получить доступ к декодеру.